深圳共有五大物流园区，分别为服务港口的盐田港后方陆域物流园区，服务于机场的航空物流园区，服务于口岸的龙华物流园区，服务于铁路货运的平湖物流园区，以及服务于城市配送的笋岗清水河物流园区。深圳目前具有26处传统货运场站（货运交易市场），主要分布在笋岗清水河、丹竹头、民治、西乡等地区，承担区域干线运输的零担货运职能。

深圳港口设施不断完善。经过三十多年的发展，深圳港相继建成了蛇口、赤湾、妈湾、盐田、大铲湾、沙鱼冲、下洞、东角头、福永和内河十个港区以及妈湾电厂、核电、大鹏LNG等专用码头。现拥有码头泊位156个，其中万吨级以上泊位74个，其中集装箱专用泊位47个，油气化工泊位22个，客运泊位19个（其中邮轮泊位2个），已经形成“两翼、六区、三主”的总体格局。

深圳铁路运输通道多方向拓展。全市铁路网由广深铁路、广深港客专、厦深铁路及平南和平盐两条支线组成“两纵一横两支”格局，总里程156公里，铁路枢纽形成深圳站、深圳北站、深圳东站、坪山站、福田站“两主三辅”布局。通过广深港客专广深段、广深四线连通广州，由京广铁路、京九铁路、京广高铁、贵广高铁、南广高铁等纵向通道，以及沪昆高铁、沪汉蓉高铁等横向通道，连通京津冀、长江中游、北部湾、滇中、成渝等城市群，并可通过沿海铁路杭深段联系海西经济区及长三角城市群。目前广深港客专深圳至香港段工程实现贯通，计划2018年正式通车运营，届时香港可通过广深港客专与全国高铁网进行连通。

国家级深圳陆路交通枢纽基本建成。深圳是《全国公路主枢纽布局规划》中确立的45个公路主枢纽城市之一，也是《国家公路运输枢纽布局规划》中深莞组合枢纽的重要组成部分。深圳的公路客货枢纽形成了“七横十三纵”的高快速路网体系，沿江高速、博深高速、盐排高速公路、盐坝高速、龙大高速和南光高速等一批高快速路相继建成，外环高速、坪盐通道、坂银通道、深圳东部过境高速等一批重大交通基础设施开工。

深圳机场硬件设施不断提升。深圳宝安国际机场是境内集海、陆、空、铁联运为一体的现代化大型国际空港，拥有2条跑道，新航站楼面积55万平方米，共拥有停机位199个，可服务旅客吞吐量达4500万人次。深圳机场目前共有两条跑道，其中长3800米、宽60米的第二跑道于2011年正式投入使用。该跑道飞行等级为4F，可以满足目前世界上最大型客机起降，其中包括“空中巨无霸”——空客A380客机。